หลังจากเหตุการณ์ในซีซั่นแรก หน่วย S.H.I.E.L.D. ที่เคยแข็งแกร่งกลับถูกทำลายจากภายใน เมื่อองค์กร ไฮดร้า ได้แทรกซึมเข้ามาควบคุมในทุกระดับชั้น ฟิล โคลสัน (Clark Gregg) ซึ่งได้รับตำแหน่งผู้อำนวยการคนใหม่ ต้องรวบรวมทีมที่เหลืออยู่เพื่อสร้าง S.H.I.E.L.D. ขึ้นมาใหม่จากศูนย์ พร้อมกับเปิดโปงและทำลายไฮดร้าที่กำลังวางแผนร้ายเพื่อยึดครองโลก
ในซีซั่นนี้ ทีมงานต้องเผชิญกับความท้าทายมากขึ้น ไม่ว่าจะเป็นการไล่ล่าและทำลายเครือข่ายไฮดร้าที่ซ่อนอยู่ การจัดการกับเทคโนโลยีขั้นสูงที่ตกไปอยู่ในมือของศัตรู และการเปิดเผยความลับเกี่ยวกับตัวตนของ สกาย (Chloe Bennet) ซึ่งนำไปสู่การค้นพบเกี่ยวกับเผ่าพันธุ์ Inhumans ที่มีพลังเหนือธรรมชาติ
เนื้อเรื่องสำคัญในซีซั่นนี้:
การต่อสู้ระหว่าง S.H.I.E.L.D. และ ไฮดร้า การค้นพบความลับเกี่ยวกับพลังและที่มาของ สกาย การปรากฏตัวของเผ่าพันธุ์ Inhumans และการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในโลก ความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนภายในทีม และการทดสอบความไว้วางใจระหว่างสมาชิก
ซีซั่นนี้เต็มไปด้วยแอ็คชั่นเข้มข้น การหักมุมที่คาดไม่ถึง และการขยายจักรวาลของมาร์เวลไปสู่เรื่องราวที่ซับซ้อนและน่าติดตามยิ่งขึ้น
เนื้อเรื่องเข้มข้นและเชื่อมโยงกับจักรวาลภาพยนตร์มาร์เวล การพัฒนาตัวละครที่ชัดเจน โดยเฉพาะบทของสกายและเผ่าพันธุ์ Inhumans การผสมผสานระหว่างแอ็คชั่น เทคโนโลยี และความลับที่ซ่อนเร้น
