ในซีซั่นนี้ นิกิต้า (รับบทโดย แม็กกี้ คิว) กลับมาพร้อมความมุ่งมั่นที่จะช่วย Division พลิกบทบาทจากองค์กรลับที่เคยปกปิดการกระทำอันโหดร้าย ให้กลายเป็นกลุ่มที่โปร่งใสและทำเพื่อความยุติธรรม นำโดย ไรอัน เฟล็ทเชอร์ (รับบทโดย โนอาห์ บีน) หัวหน้าคนใหม่ที่ตั้งเป้าหมายในการปรับโครงสร้างองค์กรและลบล้างชื่อเสียงอันเสื่อมเสีย
หนึ่งในภารกิจสำคัญของซีซั่นนี้คือการตามล่า Dirty Thirty อดีตสายลับและนักฆ่าของ Division ที่หลบหนีและใช้ความสามารถพิเศษของพวกเขาในทางผิดกฎหมาย ขณะเดียวกัน อแมนดา (รับบทโดย เมลินดา คลาร์ก) อดีตผู้ดูแล Division ผู้ทรงอิทธิพล ก็ไม่ยอมให้ Division เปลี่ยนแปลงไปโดยง่าย เธอกลับมาเป็นคู่ปรับที่สำคัญของนิกิต้าและทีม ด้วยการวางแผนที่ซับซ้อนและการใช้เล่ห์เหลี่ยมเพื่อบ่อนทำลาย Division
ความสัมพันธ์ระหว่างนิกิต้าและไมเคิล (รับบทโดย เชน เวสต์) ถูกทดสอบอย่างหนักเมื่อไมเคิลต้องเผชิญกับผลกระทบจากการสูญเสีย และความลับในอดีตของเขาที่ส่งผลต่ออนาคตของทั้งคู่ นอกจากนี้ ทีมของนิกิต้าอย่างอเล็กซ์ (รับบทโดย ลินด์ซีย์ ฟอนเซกา) และเบิร์คอฟ (รับบทโดย แอรอน สแตนฟอร์ด) ยังต้องรับมือกับความขัดแย้งและความสัมพันธ์ที่ซับซ้อน
Nikita Season 3 เต็มไปด้วยฉากแอ็กชันที่ตื่นเต้น การหักมุมที่คาดไม่ถึง และการต่อสู้เพื่ออุดมการณ์ที่สะท้อนถึงความซับซ้อนของมนุษย์ เมื่อ Division ต้องพิสูจน์ว่าองค์กรที่เคยเป็นความมืดมนสามารถเปลี่ยนแปลงและล้างบาปในอดีตได้จริงหรือไม่