Private Practice Season 3 ยังคงถ่ายทอดเรื่องราวดราม่าที่เข้มข้นของทีมแพทย์จาก Oceanside Wellness Centre และเหตุการณ์ที่เปลี่ยนแปลงชีวิตตัวละครหลายคน ซีซั่นนี้เริ่มต้นหลังจากเหตุการณ์ระทึกในซีซั่น 2 ที่ ไวโอเล็ต รอดชีวิตจากการถูกทำร้ายอย่างโหดร้าย เธอยกสิทธิ์ดูแลลูกชาย ลูคัส ให้กับ พีท ในช่วงที่กำลังฟื้นตัวจากความบอบช้ำทางร่างกายและจิตใจ
แอดดิสัน และ แซม เริ่มสนิทกันมากขึ้นและมีความรู้สึกดีต่อกัน แต่ทั้งคู่พยายามไม่พัฒนาความสัมพันธ์เพื่อไม่ทำร้าย นาโอมิ ขณะเดียวกัน ชาร์ล็อตต์ และ คูเปอร์ เลิกรากันชั่วคราว ท่ามกลางปัญหาในชีวิตคู่ ส่วน เดลล์ ต้องเผชิญกับโศกนาฏกรรมครั้งใหญ่ เมื่อภรรยาของเขาเสียชีวิตจากเหตุระเบิด และเขาเกือบเสียลูกสาว เบ็ตซีย์ ไปในเหตุการณ์เดียวกัน
เหตุการณ์ที่สร้างความสะเทือนใจอีกครั้งในซีซั่นนี้คือ มายา ลูกสาวของแซมและนาโอมิ พบว่าตัวเองตั้งครรภ์ในวัยรุ่นและตัดสินใจแต่งงานกับแฟนหนุ่ม ดิงก์ แม้จะสร้างความขัดแย้งในครอบครัว แต่สุดท้ายทุกคนก็พยายามยอมรับและสนับสนุนเธอ
ในส่วนของความสัมพันธ์ พีท และ แอดดิสัน พัฒนาความสัมพันธ์จนกลายเป็นคู่รัก แอดดิสันยังสนิทสนมกับลูคัส แต่ความสัมพันธ์ต้องสั่นคลอนเมื่อไวโอเล็ตต้องการสิทธิ์ดูแลลูกกลับคืนมา นำไปสู่การขึ้นศาลเพื่อขอสิทธิ์การเลี้ยงดูลูกร่วมกัน
ในตอนจบของซีซั่น ตัวละครแต่ละคนมาถึงจุดเปลี่ยนสำคัญ ชาร์ล็อตต์ และ คูเปอร์ ตัดสินใจหมั้นหมายกัน แม้จะผ่านความขัดแย้งรุนแรง ขณะที่ แอดดิสัน และ แซม ตัดสินใจกลับมาคบกันอย่างจริงจัง แต่โศกนาฏกรรมครั้งใหญ่ปิดท้ายซีซั่นเมื่อ เดลล์ และ มายา ประสบอุบัติเหตุรถยนต์ ดร.อมีเลีย เชพเพิร์ด พยายามช่วยชีวิตเดลล์ แต่ไม่สำเร็จ ทำให้เดลล์เสียชีวิต ส่วนมายารอดชีวิตและให้กำเนิดลูกสาวอย่างปลอดภัย
Private Practice Season 3 ทิ้งท้ายด้วยอารมณ์เข้มข้น การสูญเสีย และการเริ่มต้นใหม่ในชีวิตของตัวละคร พร้อมเปิดทางสู่เรื่องราวที่เข้มข้นยิ่งขึ้นในซีซั่นถัดไป